Professional Vocabulary of Biology

Neighbor-joining method：邻接法。是一种不仅仅计算两两比对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行限制，能够克服UPGMA算法要求进化速率保持恒定的缺陷。

Reverse transcription (RT)：逆转录。是以RNA为模板合成DNA的过程，即RNA指导下的DNA合成。此过程中，核酸合成与转录（DNA到RNA）过程与遗传信息的流动方向（RNA到DNA）相反，故称为逆转录。

ORF：开放阅读框。开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列。

Codon bias：密码子偏好性。氨基酸的同义密码子的使用频率与相应的同功tRNA的水平相一致，大多数高效表达的基因仅使用那些含量高的同功tRNA所对应的密码子，这种效应称为密码子偏好性。

Domain：结构域。保守的结构单元，包含独特的二级结构组合和疏水内核，可能单独存在，也可能与其他结构域组合。相同功能的同源结构域具有序列的相似性。

Motif：模体。短的保守的多肽段，含有相同模体的蛋白质不一定是同源的，一般10-20个残基。

Profile：序列表谱。是一种特殊位点或模体序列，在多序列比较的基础上，氨基酸的权值和空位罚分的表格。

RefSeq：参考序列。给出了对应于基因和蛋白质的索引号码，对应于最稳定、最被人承认的Genbank序列。

PDB（Protein Data Bank）：蛋白质资料库。PDB中收录了大量通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构，记录有原子坐标、配基的化学结构和晶体结构的描述等。PDB数据库的访问号由一个数字和三个字母组成（如，4HHB），同时支持关键词搜索，还可以FASTA程序进行搜索。

MMDB (Molecular Modeling Database)：分子模型数据库。是（NCBI）所开发的生物信息数据库集成系统Entrez的一个部分，数据库的内容包括来自于实验的生物大分子结构数据。与PDB相比，对于数据库中的每一个生物大分子结构，MMDB具有许多附加的信息，如分子的生物学功能、产生功能的机制、分子的进化历史等 ，还提供生物大分子三维结构模型显示、结构分析和结构比较工具。

PSSM：表谱。指一张基于多序列比对的打分表，表示一个蛋白质家族，可以用来搜索序列数据库。

HMM ：隐马尔可夫模型。一种统计模型，它考虑有关匹配、错配和间隔的所有可能的组合。

Phylogenetic：系统发育学。确定生物体间进化关系的科学分支。

Systems biology：系统生物学。是研究一个生物系统中所有组分成分（基因、mRNA、蛋白质等）的构成以及在特定条件下这些组分间的相互关系，并分析生物系统在一定时间内的动力学过程。

Proteome：蛋白质组。是指一个基因组、一种生物或一个细胞/组织的基因组所表达的全套蛋白质。

Next Generation Sequencing（NGS）：高通量测序技术。以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。

Whole-genomesequencing（WGS）：全基因组重测序。对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。

Sequencing Depth：测序深度。测序得到的碱基总量与基因组大小的比值，它是评价测序量的指标之一。

DeoxyriboNucleic Acid（DNA）：脱氧核糖核酸。是生物细胞内含有的四种生物大分子之一核酸的一种。 

Glycolytic pathway：糖酵解途径，葡萄糖分解为丙酮酸的过程称为酵解途径。

Gluconeogenesis：糖异生，由非糖化合物转变为葡萄糖或糖原的过程称为糖异生。

Glycogenolysis：糖原分解，习惯上是指肝糖原分解为葡萄糖。

Substrate cycle：底物循环，底物循环 在代谢过程中由催化单向反应的酶催化两种底物互变的循环称为底物循环。

Cooperative effect：协同效应，指一个亚基与其配体（Hb的配体为O2）结合后，能依次影响寡聚体中另一个亚基与配体的结合能力。如果是促进作用则称为正协同效应；反之称为负协同效应。  

Secondary structure：蛋白质三级结构，指在二级结构的基础上，多肽链进一步卷曲、折叠而形成的更为复杂的空间结构。三级结构是一条多肽链的完整的构象，包括全部的主链和侧链的专一性的空间排布。

Quaternary structure：蛋白质四级结构，指含有两条或多条肽链的蛋白质，其每一条肽链都具有其固定的三级结构（亚基，subunit），并靠次级键相连接，这类结构层次的构象就是蛋白质的四级结构。

Isoelectric point：等电点，当某一两性解离物质处于某一pH溶液中时，其解离成正、负离子的趋势相等，即成为兼性离子，净电荷为零，此时溶液的pH值称为该物质的等电点。

Biological oxidation：生物氧化，有机分子在生物体内进行一系列氧化还原反应, 最终分解为CO₂、H₂O和释放能量的过程。又称细胞呼吸或组织呼吸。                                  

Respiratory chain：呼吸链，镶嵌在线粒体内膜上的一系列氧化还原复合体（递氢体和递电子体）组成的连锁反应体系称为呼吸链。其本质是一些酶和辅助因子, 能将代谢物脱下的成对氢原子逐步传递,最后与氧结合生成水，同时伴有ATP生成。  

Oxidaive phosphorylation：氧化磷酸化，是指在呼吸链电子传递过程中释放出能量，推动ADP磷酸化生成ATP过程。又称为偶联磷酸化。

Nucleosome：核小体，由DNA和组蛋白共同构成。组蛋白分子共有五种，分别称为H1，H2A，H2B，H3和H4。各两分子的H2A，H2B，H3和H4共同构成了核小体的核心，DNA双螺旋分子缠绕在这一核心上构成了核小体。 

指 导 老 师 ：宁      梅

信息采集提供：唐    月