博士生会||文献共享-《Microbiome》报道根相关真菌集合群落中的网络中枢

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【内容】

文献共享第四十八期||《Microbiome》报道根相关真菌集合群落中网络中枢方面的研究

已有研究发现与植物相关的微生物具有显著的多样性，但理解和管理植物微生物组动态仍具有科学挑战性。在这方面，网络分析方法为研究“核心”微生物物种提供了基础，有可能理清集合群落尺度植物与微生物相互作用的进程。

近期国际刊物《Microbiome》发表了Toju课题组在根相关真菌集合群落中网络中枢方面的最新研究成果。Toju为第一作者兼通讯作者，该课题组一直致力于微生物组方面的研究，近年来逐渐扩展至微生物组集合群落方面的研究。

该研究采用Illumina测序技术对日本群岛8个森林生态系统中与根相关真菌的测序，探讨了植物与真菌关联的集合群落尺度网络的中枢。

Toju等从150中植物/分类单元的227个局部种群中检测到8080个真菌OTUs，并采用FUNGuild进行真菌功能群进行注释。

Compositions of fungal taxa and functional groups in each forest. a Order-level taxonomic composition of fungal OTUs in each locality. The number of fungal OTUs detected is shown in a parenthesis for each forest. b Functional-group composition. The fungal functional groups were inferred by the program FUNGuild.

作者等对集合数据集进行了多种分析，并计算了网络中心指数以量化中枢OUT的中介中心性（betweenness centrality）。

Fungal OTUs with highest local betweenness. a Order-level taxonomic composition of top 20 OTUs with highest local betweenness in each forest. (Additional file 4; Data S4) for betweenness scores of all fungal OTUs in respective local forests. b Genus-level taxonomic composition of top 20 OTUs with highest local betweenness. c Functional-group composition of top 20 OTUs with highest local betweenness.

Toju等人发现集合群落中的中枢真菌不仅具有广阔的地理分布，且在各个局部群落中拥有广范围的宿主。进而推断出在温带和/或亚热带森林集合群落尺度中可能起着关键作用的几个分类单元。该研究有望为植物与微生物复杂关联研究提供一个框架/指导，可应用于不同环境中的不同植物分类单元。通过将这种网络分析的目标扩展到不同气候/生物地理区域中不同类型的植物相关微生物，将为管理植物微生物奠定坚实的基础。

参考文献

Toju H, Tanabe AS, Sato H. Network hubs in root-associated fungal metacommunities. Microbiome, 2018, 6, 116-131

链接：https://doi.org/10.1186/s40168-018-0497-1

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图文：张芝元

编辑：黄薇